Programos išlaidos - tai išlaidos, patirtos vykdant konkrečias programas pagal ne pelno siekiančio subjekto misiją. Šios išlaidos skiriasi nuo kitų pagrindinių ne pelno organizacijos išlaidų kategorijų, kurios yra lėšų rinkimo išlaidos ir valdymo bei administravimo išlaidos. Aukotojai nori, kad didelė išlaidų dalis būtų patiriama programos išlaidų srityje, o tai rodo aukštą misijos efektyvumo lygį.
