Biudžeto sudarymas įmonėje turi keletą trūkumų:
Reikalingas laikas. Kurti biudžetą gali būti labai daug laiko, ypač blogai organizuotoje aplinkoje, kur gali prireikti daugybės biudžeto pakartojimų. Laikas yra mažesnis, jei yra tinkamai suplanuota biudžeto sudarymo procedūra, darbuotojai yra įpratę prie proceso ir įmonė naudoja biudžeto programinę įrangą. Laiko poreikis gali būti neįprastai didelis, jei yra dalyvaujamasis biudžeto sudarymo procesas, nes šioje sistemoje dalyvauja daug darbuotojų.
Žaidimai sistemoje. Patyręs vadovas gali bandyti įvesti biudžetą, kuris apima sąmoningą pajamų įverčių mažinimą ir išlaidų sąmatų didinimą, kad jis galėtų lengvai pasiekti palankių skirtumų nuo biudžeto. Tai gali būti rimta problema ir norint ją pastebėti bei pašalinti, reikia didelės priežiūros.
Kaltinti dėl rezultatų. Jei skyrius nepasiekia numatytų rezultatų, skyriaus vadovas gali kaltinti kitus departamentus, kurie jam teikia paslaugas, kad jie nepakankamai palaikė jo skyrių.
Išlaidų paskirstymas. Biudžete gali būti nustatyta, kad tam tikros pridėtinių išlaidų sumos turi būti paskirstytos įvairiems departamentams, o tų departamentų vadovai gali ginčyti taikomus paskirstymo metodus.
Išleisk arba pamesk. Jei skyriui leidžiama tam tikra išlaidų suma ir neatrodo, kad skyrius biudžeto laikotarpiu išleis visas lėšas, skyriaus vadovas paskutinę minutę gali patvirtinti pernelyg dideles išlaidas, motyvuodamas tuo, kad jo biudžetas bus sumažintas kitam laikotarpiui, nebent jis išleis viską, kas leista dabartiniame biudžete.
Atsižvelgiama tik į finansinius rezultatus. Biudžetas pirmiausia susijęs su grynųjų pinigų paskirstymu konkrečiai veiklai ir numatomais verslo sandorių rezultatais - jie nesprendžia subjektyvesnių klausimų, tokių kaip klientams teikiamų produktų ar paslaugų kokybė. Tai taip pat neapima rizikos, su kuria susiduria verslas, apžvalgos. Šie kiti klausimai gali būti nurodyti kaip biudžeto dalis, tačiau paprastai tai nėra daroma.
Strateginis griežtumas. Kai įmonė sukuria metinį biudžetą, vyresnioji vadovų komanda gali nuspręsti, kad kitiems metams organizacija daugiausia dėmesio skirs biudžete numatytų tikslų įgyvendinimui. Tai gali būti problema, jei rinka per biudžetinius metus pasikeis kita linkme. Tokiu atveju įmonė turėtų keistis kartu su rinka, o ne laikytis biudžeto.
