Mokėjimas į sąskaitą įvyksta, kai gaunamas mokėjimas iš kliento, o mokėjime nėra žymos, pagal kurią sąskaita mokama. Pardavėjas užregistruoja mokėjimą laukiančioje sąskaitoje, tuo pačiu padėdamas čekį ir išsaugodamas visą gautą informaciją apie mokėjimą byloje. Laukiančios sąskaitos turinys vėliau tiriamas ir išvalomas, nes iš klientų gaunama daugiau informacijos. Mokėjimas sąskaitoje taip pat gali būti susijęs su išankstiniu mokėjimu, kurį gavėjas taiko kitoms sąskaitoms faktūroms, kai jos yra sugeneruojamos.
